Часть акватории Махачкалинского порта будет передана в ведение министерства обороны России. Соответствующее постановление было принято в правительстве страны. Делается это для того, чтобы создать условия для базирования судов Каспийской флотилии. В связи с этим,  зерновой терминал и железнодорожную паромную переправу придется переносить севернее действующей сухогрузной гавани. Кроме того  возникла необходимость строительства новых причалов для генеральных грузов и судов. Руководство порта рассчитывает внести изменения в карту водного транспортного узла за счет средств федерального бюджета.